Научные разработки ученых-исследователей Южно-Уральского государственного аграрного университета выполняются по агрономии, ветеринарии и зоотехнии, техническим наукам. Научные проекты ученых апробированы, имеют прикладное значение и могут быть полезны специалистам в решении актуальных проблем агропромышленного комплекса.
Руководство научно-исследовательской деятельностью и управление научными подразделениями университета осуществляет проректор по научной и инновационной работе. Структурными подразделениями, составляющими инфраструктуру научных исследований, являются выпускающие и общеобразовательные кафедры, инновационный научно-исследовательский центр, лаборатория инновационного научно-исследовательского центра, научно-исследовательский центр биотехнологии репродукции животных, совет молодых учёных, студенческое научное общество. Деятельность структурных подразделений регламентируется локальными нормативными актами.
К научной инфраструктуре университета также относятся малые инновационные предприятия (ООО), созданные в соответствии с Федеральным законом № 217-ФЗ от 02 августа 2009г.:
ООО «ЧелАгро»;
ООО «НТЦ АгроЭСБ».
К настоящему времени научно-исследовательская работа в университете осуществляется в рамках 13 научных школ
Scopus https://www.scopus.com/
Web of Science https://apps.webofknowledge.com/
Российский научный фонд (РНФ) http://www.rscf.ru/
Российский фонд фундаментальных исследований (РФФИ) http://www.rfbr.ru/rffi/ru/
ФГБОУ «Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере» (Фонд содействия инновациям) http://fasie.ru/
Российский индекс научного цитирования (РИНЦ) http://elibrary.ru/project_authors.asp